本中心整合海大特色研究團隊，107 年度獲教育部高教深耕第二部份特色領域中心補助(107.06.01~111.05.31)，成立海洋工程科技中心。本中心目標為研發全球變遷下海洋工程科技之創新與應用。台灣受全球變遷的影響，河海災害強度與頻率日益加劇；也面臨能源短缺的挑戰。奠基於本校重大設備(世界第三空蝕水槽和世界第五海工館)和海洋工程專業領域整合的特殊性。本中心聚焦於「河海災防」與「海洋能源」之關鍵技術的研發與應用。在災防預警系統與能源研發方面，本中心開發三維大氣、海洋及地形（3D-AtOM）耦合模式，更能重現海域複雜之海況，同時整合河川與海洋WASH123D 模式（葉高次）、成為統一使用非巢狀網格數值方法且具本土化之「河海模式」。提升模式預報精度與效率功能。本中心亦建置河海大數據與整合型地理資訊平台並研發人工智慧演算創新技術，應用於台灣「河海災防」與「海洋能源」的實務問題。

「河海災防」以達成河川、流域與海洋及海岸永續經營為目標，包含發展防災、減災及調適策略的擬定。本中心執行策略著重於河海災害預警、風險分析及調適策略規劃。以河海模式為基礎，於整合平台上進行系列水文與水理分析，研發現代防洪科技。「海洋能源」則著重在本土海洋產業之觀測平台之建立與關鍵技術創新與提升。如風機基礎液化與掏刷數值模擬與監測、水動力分析與防護工法、地形變遷、友善空間規劃與生態復育與風機運維新技術開發與應用。

在離岸風場的施工方面，提供海況預報作為施工期程與海纜共同廊道規劃之依據，並提供風機基礎受颱風、地震及海嘯極端條件作用之數值模擬資訊。考量風場持續性與均勻性，本中心研發風能與波能共置系統，並以台電彰化場址作為示範區域，並建置示範電廠。在風機運維方面，並與英國GWO(Global Wind Organization)合作，建置維運人員訓練認證中心共同培育人才。在海洋能開發方面，本中結合本校在實驗水槽所完成的大尺度海洋能發電機(含波浪和海流)，進一步外海測試場完成實體測試，並透過與業界合作，最終目標為建置海洋能示範電場。

本中心營運五年(2018~2022)每年發表國際期刊論文超過100 篇，其中Q1 均超過50 篇，產學計畫五年總共3.96 億元，技轉總共3.99 千萬元。與離岸風電開發商產學合作表現優良，從漁業資源、近海水文、海底地質、海洋地形、生態調查、航道畫設、海洋海事工程及海洋空間規劃等，均有實質產學合作計畫，協助推動環評、工程規劃設計及施工與運維。

本中心執行NEPII 橋接溝通大型計畫，協助政府漁業補償金之合理賠償，地方回饋金議題及漁民就業轉型，進行海洋牧場空間規劃，在離岸風場設計箱網養殖與生態復育，幫助漁民養殖，協助提高漁獲量，獲得良好之評價。本中心用校務基金建置智慧化海洋能測試場，進行浮式離岸風機及波浪海流發電機實體測試，協助發電機抗颱抗浪及穩定發電，評估施工與運維可能遭遇之困難，加速2050 零碳之計畫目標。